约瑟夫带领一帮残士败将节节败退，沿山路往前方逃窜。不料半路上忽然冲出一群安保士兵，士兵们的长枪齐刷刷对准了约瑟夫等人，约瑟夫眼见敌我力量悬殊，自知逃生无望。只得乖乖缴械投降。
约瑟夫被安保组织带回城内，关进了安保基地的审讯室中。面对敌特的重要头目，安保组长杨维忠本来打算让乔长军审讯，乔长军却认为不适合跟约瑟夫对话，如果对方真的是教主，那么就非常了解乔长军的个性，因此乔长军不适合此次审讯工作。杨维忠觉得乔长军说的有道理，于是亲自对约瑟夫展开了严利的盘问，约瑟夫却是有持无恐拒绝透露任何信息。
杨维忠走出审讯室与乔长军一商量，决定起用林亚夫负责盘问工作。林亚夫获悉自己再次被组织录用，心情非常激动，梳洗完毕，好好刮干净胡须，以焕然一新的面貌回到安保基地向杨维忠报道，面对被冤枉的下级，杨维忠内心感概万千，神色郑重向林亚夫敬了一个军礼以示歉意。林亚夫亦回以上级一个军礼以示理解。
随后林亚夫进入审讯室开始对约瑟夫进行了严利的审问。约瑟夫面对林亚夫哆哆逼人的语势，态度上终于有所缓和，变得不再像之前那般冷漠。
林亚夫见自己的盘问见效，趁热打铁掏出一只针筒，向针筒里注射了一瓶药水之后，走到约瑟夫身边佯装要为约瑟夫注射药水。约瑟夫看着针筒极为慌张，询问林亚夫注射的是什么药水，林亚告诉约瑟夫正是教主研发的病毒。
约瑟夫一听到正是已方研发的病毒，整个人立时面色大变，央求林亚夫不要把药水注射进自己的身体里面，同时将自己所知道的一些内幕情况说了出来。站在门外观察审讯情况的乔长军见状走进审讯室，再次逼问教主的去向，约瑟夫摇头说只知道教主住在地下基地，至于入口的地方在哪里就不知道了。
乔长军忽然记起盖振海射杀的叶栀曾经留下一块手娟，正好盖振海还在安保基地里面。乔长军找到盖振海拿过对方手中的手娟仔细研究上面的图案。经过一番研究，终于找出敌特基地的入口路线。
随后杨维忠指派乔长军带领大队人马奔赴敌特基地，一番枪战之后成功攻入基地，面对数十名蹲在地上不敢动弹的敌特份子，乔长军试图从中找到教主。此时一黑衣人斗蓬遮面，在众目睽睽中走到了盖振海的身边。盖振海迅速举起手枪对准了黑衣人，黑衣人停了下来，盖振海走过去伸手掀开了黑衣人的斗蓬。
最高追击令分集剧情介绍第34集（大结局）乔长军正在数十个敌特人员中搜寻教主，一个黑衣人忽然冒了出来，盖振海迅速上前用枪指着黑衣人的脑袋，同时伸手缓缓掀开了黑衣人头上的斗蓬。黑衣人露出了真实面目。原来是海伦。事实上海伦只是教主的替身。
面对日思夜想的爱人，盖振海一把抱住爱人痛哭流涕。此时蹲在一边的阿根侍机想要逃跑。乔长军眼尖发现了阿根异常的举动，遂上前一把抓住了阿根。阿根却是一副满不在乎的模样，此时大厅的墙壁上忽然冒起了一浓烟。阿根看着浓烟哈哈大笑，告诉乔长军等人墙内藏有炸药。不久之后炸药爆炸，所有人员难逃一死。在场所有人包括安保士兵闻言一片大乱，幸好乔长军高声喝止，大家才恢复了平静。
盖振海试图制止炸药爆炸，发现炸药藏于水泥里面，根本无法排除，此时海伦说出了炸药的来源地方。盖振海顺着海伦说的来源处经过一番捣鼓，制止了即将燃爆的炸药。
敌特份子终于肃清。最后一名内奸眼看大势已去，急忙拿上一些重要物件撤离。不料刚从楼梯上走下来，立即被一伙安保人员拦住。为首的有杨维忠以及张处长等人。顾可依严词声讨完内奸的所有罪行之后将其制服。
敌特份子虽然已经全部肃清，但韩冰以及几个战士的性命依然芨芨可危。无论医学专家如何医治韩冰等人依然不见效果。此时大家把唯一的希望放在了乔长军身上。据医务专家报道，敌特研发出来的病毒虽然无药可治，不过乔长军体内携带着天然抗体，只要抽取乔长军的血液，再注射进染病者的体内，基本上可以达到清除病毒的效果。乔长军一听说自己的血液可以医治妻子以及其它几个战士，当场二话不说要求医生在自己身上抽取血液。
海伦因为之前受过非人的折磨，只得坐在轮椅上养伤。盖振海非常高兴能跟爱人重逢。两人紧紧依偎在一起，诉说彼此的相思之苦。发誓永远在一起再也不分开。
世上之事，有喜有悲。盖振海与海伦这对有情人终于走到了一起。乔长军的妻子韩冰依然昏迷不醒。看着病床上的昏为不醒的妻子，乔长军感概万千。妻子所做的一切，全部都是为了国家。之前之所以跟敌特走在一起，无非也是想为国家出力，以及保护乔长军。
杨维忠等人则兴高采烈视察火车站。国家交给安保人员的任务终于圆满完成，敌特份子被英勇的安保人员全部清除。面对企图破坏国家建设的不法份子，安保人员誓要护卫到底。
