牛明来见郑光军，问他与林荫接触的情况。郑说林荫不识抬举，不过有一个办法可以治他一下……
林荫和方政委连夜审阅沈勇案卷宗，觉得整个案情比较清楚，人证物证都具备，感到一阵轻松，想到这个案子能破，秦志剑发挥了关键作用，打算将他调回刑警大队，方政委也同意。电话突然响起，是靳树林打来的，说接到举报，有人在皇朝大酒店卖淫嫖娼，可那大酒店是市委保护的企业，抓不抓?林荫指示立即采取行动。
靳树林率人来到酒店，抓住的人却是何大来。何不仅不怕，还大发雷霆，指名要见林荫和方政委。方政委赶到大酒店，何大来说他是和一个女的在一起，可他没有花钱，怎么能是嫖娼?林荫他们是成心败坏他的名誉。方政委只得一通赔礼道歉，何大来才罢休。林荫又气又无奈，他与方政委分析，此事有名堂：一是举报的信息非常的准确;二是从来都难以进入检查的大酒店，这次却很顺利地开了门。究竟谁在捣鬼，一时还看不出来。
第二天郝正就来跟林荫告状，说秦志剑到处吹牛，说破案全靠他。苗雨闻讯赶来采访，劈头便问林荫，如果案件不破，他会不会真的承担责任，林荫回答肯定会兑现诺言，还表示要坚决打击清水的黑社会势力，苗雨很有深意地看着林荫。
局党委会上，在进行破案总结时，林荫坚持要为秦志剑、高翔报功。也就在这时，他才知道高翔连正式民警都不是，警校毕业后，一直在刑警队义务帮忙，林荫决定要帮助他。纪委书记老靳提出赵铁军嫖娼，蓝玉芹丢失物证，都应得到处理，牛明等人反对，因为这两人进入公安局都有背景。赵铁军是郑光军的表弟，而蓝玉芹是万书记的干妹妹。最后方政委表示先暂时搁置起来，专门开会讨论，策略地解决这个问题。
要处理赵铁军的消息，很快转到赵铁军耳中，他找到林荫又是下跪痛哭，又是送钱，哀求林荫将他留在公安局，遭到林荫痛斥。赵铁军气急败坏地离去，摔了怀中暗藏的录音机，打电话告诉郑光军林荫不吃这一口，没有上受贿的勾。
秦志剑对林荫与何大来、郑光军等人的交往产生了误解，向林荫提出辞职，林荫大感诧异，坚持挽留。林荫的真诚感动秦志剑，两人彻夜长谈。秦志剑提醒林荫，郝正是一个小人，并将自己对郑光军一伙人的调查情况全盘托出，林荫再一次感到清水黑势力的猖獗。秦志剑提到了一个人，原刑警三中队的队长黄建强因调查税务干部被砍伤一案，遭到郑光军一伙的陷害，被捕入狱已经半年。要不是为了黄建强，秦志剑自己早已到深圳赚钱去了。
黄建强在狱中受到同监罪犯的凌辱，奋起反抗，双方打成一团，狱警赶来劝阻，训斥黄建强。黄建强申辩说那两个犯人是在报复他……
雷雨行动第7集剧情介绍林荫被人大正式任命为局长，林荫提出了一系列改进工作的措施，全局干警大受鼓舞。蓝玉芹预感到林荫迟早要处理自己，求牛明帮她想办法。林荫决定抓住时机，迅速调整局内人员，他提出将秦志剑调回刑警大队任教导员，牛明虽然极为反对，却又拿不出合理的理由，只得同意。党委同时决定清退赵铁军，蓝玉芹调出刑警队，安排到巡警队。牛明把党委会的决定透露给蓝玉芹和罗厚平，挑唆他们去跟林荫闹。罗厚平向林荫提出自己的能力不适合当刑警队长，还是让秦志剑来干。这让林荫很疑惑。方政委指出这一定是牛明的主意，是给林荫出难题。
林荫正式向秦志剑宣布调他回刑警大队，希望他尽快打开刑侦工作的局面，秦表示一定要把工作做好。蓝玉芹却跑来质问林荫。林荫态度坚决地警告她，如果不服从，公安局就没有她呆的地方，既然是万书记的妹妹，就更应该注意影响。蓝玉芹理屈，悻悻离去。为取得市委对工作的支持，林荫和方政委主动走向万书记汇报工作，却遇见郑光军从万书记的办公室里走出来。对于公安局的人事调动，万书记坚持暂时不要清退赵铁军，林荫只得接受。
郑光军召集手下人密谋从清水经济中进一步盘剥逼利，商议对付林荫的办法。黄建强的妻子带着孩子来求林荫复查黄建强案，林荫又找刑警们了解情况，大家都说这是一个冤案。
