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2019新式冠状病毒资源库发布

放大字体  缩小字体 2020-01-22 21:12:07  阅读:136 作者:责任编辑NO。杜一帆0322

2020年1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新式冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、我国疾病防备控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等组织揭露发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。一起,对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异剖析与展现。

2019新式冠状病毒基因组序列发布动态

2019新式冠状病毒资源库录入了来历于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新式冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地址、样本供给单位、数据递送单位等元信息。经过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库录入的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可根据Accession号、种名、属名、采样日期、采样地址、宿主、别离源、发布日期等元信息挑选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以展开相关的科学研究。

2019新式冠状病毒资源库将继续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBI的PubMed数据库中宣布的2019新式冠状病毒和其他冠状病毒的学术文献、中新网与新华网发布的新闻,同步更新世界卫生组织与我国疾病防备控制中心发布的科普介绍,为用户展开学术研究、把握科研发展、了解新闻动态与科学知识供给资源与窗口。

GWH数据库录入的冠状病毒科基因组序列信息

2019新式冠状病毒资源库根据不同参阅基因组序列展开2019-nCoV病毒株基因组变异剖析,并对成果进行了计算与可视化展现。经过对全基因组序列类似性比较和变异位点剖析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异程度、变异区域、变异碱基的详细信息。经数据剖析,2019-nCoV与2003年迸发的SARS病毒基因组序列类似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中收集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列类似性最高,类似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异剖析可为追溯病毒来历、追寻病毒株变异途径、防控新式冠状病毒引发的疫情、医治病毒性肺炎供给重要的数据根底与决议计划支撑。

2019新式冠状病毒基因组变异剖析:基因组变异剖析的参阅基因组为GenBank发布的2019新式冠状病毒株基因组序列MN908947.3,SARS-Cov为SARS 冠状病毒,bat-SL-CoVZC45为类SARS冠状病毒蝙蝠株,其他基因组序列来历于GISAID发布的2019新式冠状病毒株。赤色竖线表明变异位点。

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